Fundatia FAER este condusa de un Consiliu director ales pe o perioada de 4 ani de catre membrii fondatori. Consiliul director al FAER este format din 5-9 persoane.

Organul executiv al FAER este comitetul de directie, format din minimum 2 persoane numite de Consiliul director.

Comitetul de directie este condus de un director numit si revocat de Consiliul director.

Organul de control intern este comisia de cenzori, aleasa pe o durata de 2 ani de Consiliul director.